Как известно в Seditio можно зная md5 пароля подделать cookies и наоборот своровав coockie выдрать md5 хэшь! Это очень плохо!

Более того желательно хранить не чистый md5 пароля, а с примесями, например использовав соли или уникальный ключ сайта, который будет генерироваться при установке системы и прописываться в config.php (хотя его лучше использовать для других целей защиты). При помощи солей и будут шифроваться пароли.